Đền được khởi công vào ngày 19 tháng 5 năm 1993 nhân kỷ niệm ngày sinh lần thứ 103 của Chủ tịch Hồ Chí Minh trên một vùng đất rộng 7 ha trong quần thể của khu di tích lịch sử địa đạo Củ Chi. Đền khánh thành giai đoạn 1 vào ngày 19 tháng 12 năm 1995 và bắt đầu đón khách trong và ngoài nước đến tưởng niệm. Đền chọn ngày 19 tháng 12 làm ngày lễ chính thức của đền. Về phong thủy, đền nằm trên một thế đất cực đẹp của vùng Củ Chi.Hiện là đền tưởng niệm lớn nhất Việt Nam.